本作为系列首次第一款的NDS作品，游戏活用了NDS的主机功能特性，让玩家能在游戏中用一只触控笔就几乎控制包括手里剑攻击、冲刺跳跃等等所有的操作，可说是非常惊人。在这次的游戏中，故事承袭PS3版《忍者龙剑传：西格玛》等系列作品的世界设定，并以与其他版本截然不同的原创全新故事为主题。而在战斗方面，当玩家使用忍术进行攻击的时候，还必须依照忍术的“梵字”图样用触控笔在触控屏幕上描绘出来，如此才能发动忍术，而且描绘梵字的时候还有时间限制跟时机显示，感觉上可说是颇为有趣。