《最后生还者》的故事发生在"波士顿隔离区"，20年前这里曾发生过一次"真菌爆发"，毁灭了所有的现代文明，官方迅速封闭了整个城市以防真菌传播到外界，不过依然有幸存者在其中继续生活。后来，由于这种真菌的泄露和扩散，这种隔离失去了意义，整个美国人口密集的城市均遭真菌感染。
玩家扮演着中年男性乔尔（Joel），为了完成“火萤”组织首领玛琳的托付而带着14岁少女艾莉（Ellie）一同踏出由军队保护的疫情隔离区，穿越化为废墟丛林的大都会。面对病毒感染变种人类与其他幸存者集团威胁，展开了一场改变两人一生的深刻旅程。
