游戏中玩家将使用触控笔来进行操作，并以横跨两萤幕的方式游玩。主要的游戏进行方式包括有垂直移动与水平移动的关卡两种。在垂直移动关卡中，玩家需以触控笔来画出云朵，引导下降的小马里奥避开敌人并获得金币，也可以使用触控笔把敌人圈起来变成气泡。在水平移动关卡中，玩家一样要使用触控笔来画出云朵，让背著小马里奥的耀西通过各种障碍，并可以点击耀西的方式进行大跳跃、点击画面来丢恐龙蛋，或对麦克风吹气来吹走画面上的云朵等操作。游戏也支援透过无线网路进行双人同乐的游玩方式。