某日BUBBLE和BUBBLE两兄弟在河边玩，当他们玩累了正要回家，突然被一股不可思议的力量袭击，将兄弟俩变成了恐龙！兄弟俩被卷至高空，分别掉落到两座魔塔中。兄弟俩必须合作突破重重关卡才能逃出魔塔，于是泡泡龙的冒险就此展开！完全创新的内容加上新要素，并保留系列作简单有趣的特性。新增解谜要素，可用火、水、电等泡泡等特性进行过关。还可以制作不同的泡泡以达成特殊效果或消除障碍物。一、双重主角登场，绿泡泡龙和蓝泡泡龙协助合作：绿泡泡龙在右塔，蓝泡泡龙在左塔，玩家要适时切换两位主角以合，作打倒敌人。通过所有区域后，便可迎战以3D画面呈现的BOSS!二、可利用无线通讯机能进行热闹的2～4人联机对战：玩家可透过Ad Hoc模式进行通信对战。对战模式中泡泡，具有攻击效果，可攻击对方。因此在对战模式中不仅要，消灭敌人，还必须防御或展开对其他玩家的炸弹泡泡攻击。