《命令与征服3》的故事发生在2047年，当时出现了特殊的“泰伯伦矿”，这是一种污染地球、具自行复制能力的外星物质，由于此物质的蔓延，令地球陷入放射冰河时期。而由世界先进国家组成的高科技联盟“GDI”，正努力抑制泰伯伦矿的增生。然而，NOD兄弟会的狂人领袖Kane则对地球有另一番规划，决意使用泰伯伦矿支配及改造人类，实践其疯狂邪恶的梦想。一场涉及地球命运的战争，全面开打。《命令与征服3》将拥有突破性的单人任务，鼓励你行使自己的游戏风格。新的移动基地也将带来新战术。可怕的离子风暴会影响战场上的电力供应。你还可以通过组合不同的单位来创造新的武器。玩家可以使用语音通讯，连机具备完整的战队系统，还有全新的观看模式让你感觉就像看体育比赛转播一样。猛犸坦克、NOD激光塔、奥卡战斗机、离子炮、隐形坦克等等《命令与征服》玩家熟知的单位依旧会出现在游戏中，GDI在泰伯利亚之日中使用的机甲单位也将被保留，而且会以更高的技术能力登场。