游戏的单机剧情分为四个主要组成部分，而根据玩家所选择的路线的不同，剧情的发展也会产生相应的变化，战斗的场景、面对的敌人以及中途穿插的电子小说式的故事情节也完全不同。另外，与系列前作不同的是，由于延续了原作故事中巨大外星结晶体入侵地球的剧情，因此游戏中的城市环境也将发生很大变化。本作号称是“史上最强巨大怪兽对战游戏”，由于采用了新的制作手法，游戏中的建筑物将比过去更加逼真，当玩家打击建筑物时，建筑表面会出现被破坏的痕迹，会产生崩塌的瓦砾和碎石直至轰然倒塌，玩家可以尽情享受破坏的快感。