进入暑假后，SOS团的周围不断发生不可思议的现象。见状大喜的凉宫团长将带领SOS的团员们积极的参与到神秘事件的解密当中。游戏按照章节方式进行，每一章都将会出现不同的神秘现象让玩家解决。游戏流程分为“冒险部分”和“事件解决”两部分构成。在“冒险部分”中，玩家要与游戏中的其他角色进行交谈，并且在对话中会掌握到某些“关键词”，这些言语对事件的解决将会起到很大作用。而在“事件解决”部分中，玩家将转移到事件的现场，在限定时间内，控制阿虚寻找事件相关的蛛丝马迹并最终成功解决问题。