本作是由位于日本京都的游戏开发Jupiter所开发的NDS专用游戏《化石超进化》的续集，前作是2007年度北美地区销量最佳的第三方NDS游戏，其全球销量已经突破一百万套。《化石超进化：穿越星门》仍然由Jupiter负责开发，游戏将讲述Rallen、Jeena与神秘星门之间的故事，因此玩家可以从男女主角中任选其一。游戏使用了全新的3D表现方式、地图工具以及剧情，当然还有全新的化石兽可以收集。本作使用了迪斯尼公司开发的Dgamer网络服务，玩家可以设定自己的形象、与其他玩家进行对战、交流或交换道具等活动。