与家用机版本的《歌舞青春3：毕业舞会》相同，NDS平台的《歌舞青春3：高中时代》也是一款以原作为基础所制作的音乐节拍游戏。玩家可以选择扮演原作中登场的角色来演奏电影中脍炙人口的歌曲，如果你想更加投入游戏，还能通过游戏中的特有工具来创建自己的独有角色。在NDS版中玩家可以拍摄自己的毕业相册，这项功能可是其他版本中没有的。本作也对应迪士尼公司为NDS推出的DGamer网络服务，玩家们可以通过网络在专门的大厅中聊天，或装饰自己的形象。