在英雄們擊敗了湮滅使徒的入侵之後，多元宇宙再次得到了久違的和平，被使徒收集而來的元能需要運回各自的宇宙，以恢復各個宇宙的平衡狀態。

這次失控事件中來自各宇宙的英雄自然擔任起了元能運輸的任務，搭載“方舟”號進行短暫的整頓後，各自踏上了歸途，然而所有的時空穿梭都被神秘的力量所中斷，英雄們被困在了一個由鋼鐵組成的移動迷宮之中，當所有人在進行了一段筋疲力盡的逃亡之後，發現原來他們被傳送到了同一個時空，在這個時空之中元能雖然還分佈在熟悉的宇宙之中，但卻不再有任何變化，宇宙進入了永恆的凝滯，宇宙不再會有進化，也不會再有未來。英雄們在自己曾經戰鬥過的每一個星球尋找關於這個奇怪時空的知識，終於在創世奇點處找到了被初元議會隱藏的秘密：當所有元能彙集到一個時空的時候，奇點會消滅所有宇宙，並進行重啟，重新創造多元宇宙，初元議會為了防止重啟的發生，從每個世界盜取了一部分元能，拼湊成了一個停滯的“異界”時空，並將這個“異界” 隱藏在了“時空甬道”；因為“時空甬道”一直被用作各個時空之間的快速傳輸，所以沒有人注意到這裏還包含著一個靜止的小時空。

然而，當所有英雄攜帶著自己宇宙的元能進入到異界之後，創世奇點借助英雄們攜帶的元能進入了啟動狀態，而英雄們則被巨大的時空啟動慣性裹挾出了異界，宇宙進入了重啟的危機之中！英雄們再次集結，遠征異界！